凝膠成像一般都是一個箱體結構，在這樣的箱體里面需要暗藏發光光源，并且他要留夠有效的距離給相機拍照。一不小心我們就發現了兩個物理原理的零件了，還有另外一個應用物理知識的是光的透射。當光穿過白色玻璃片時大部分的光都還保留著。當光透過紅色的玻璃片時，一般只有紅色的光才可以透過玻璃片并被呈現出來。當光透過黑色玻璃片時，大多的光都被攔截了，所以我們很少能看到黑色的燈。樣品對投射或者反射光有部分的吸收，從而照相所得到的圖像上面的樣品條帶的光密度就會有差異。光密度于樣品的濃度或者質量成線性關系。根據未知樣品的光密度，通過于已知濃度的樣品條帶的光密度指相比較就可以得到未知樣品的濃度或者質量。這就是圖像分析系統定量的基礎。采用新技術的紫外透射光源和白光透射光源使光的分布加均勻，大限度的消除了光密度不均造成的對結果的影響。以上就是濾光片選擇原理。濾光片的作用就是透過我們想記錄下來的光譜，攔截雜光。使我們拍出的圖片清晰，減少雜光的干擾。凝膠成像系統是一個集觀察、拍攝和分析凝膠于一體的凝膠分析系統。使用該系統可以對凝膠進行定量和定性分析。凝膠成像系統是實驗室常用的一種儀器，其應用范圍其廣泛。總的來說，凝膠成像系統可以用于：蛋白質、核酸、多肽、氨基酸、多聚氨基酸等其他生物分子的分離純化結果作定性分析；確定生物分子的分子量；用于生物分子的定量分析。樣品在電泳凝膠或者其他載體上的遷移率不一樣，以標準品或者其他的替代標準品相比較就會對未知樣品作一個定性分析。這個就是圖像分析系統定性的基礎。根據未知樣品在圖譜中的位置可以對其作定性分析，就可以確定它的成份和性質。