在傳統的植物學研究中，受實驗手段所限只能研究植物表型在某一個時間截面時的靜止狀態，反映的是該時間點以前全部生物學動態過程的累積效應。然而植物的生長發育是一系列時間—空間特異的過程的組合，只有觀察動態變化過程才能更好地認識植物生長發育調控的時空特異性。而且隨著植物科學的發展，越來越多的研究人員需要在活體植株中驗證基因的功能，研究基因的表達調控，以及植物的晝夜節律等，因此，對于植物活體成像的需求也越來越大，還可以應用于植物陽性克隆的篩選以及轉基因植物的鑒定等多方面。

　　植物活體成像可應用于植株，葉片，種子，愈傷組織等熒光和生物發光成像，可同時顯示多個報告基因，滿足不同熒光探針的檢測需求，如GFP， RFP及紅外染料等，尤其適用于植株體內Luc報告基因的檢測。

　　植物基因表達和蛋白質互作研究、抗逆性研究、基因脅迫實驗、生長規律及節律監測、克隆篩選、基因育種篩選、葉綠素監測、藥用植物篩選以及植物細菌和病毒感染研究等。

　　植物基因表達和蛋白質互作研究

　　植物的基因表達受到溫度、光照等因素調節，能夠直接反映植物基因表達的空間和時間分布，進而了解體內特異性基因與受體相互作用和信號轉導途徑等生物學過程。

　　葉綠素監測，對植物體中葉綠素進行定性和定量測定來估算植物的生長狀況及分布，可作為植物和環境質量評估的指標。

　　植物生物節律及光周期相關研究，生物節律是一種生物內在的、復雜而精細的生理調節系統，它使植物得以根據外界環境的周期性變化來協調自身新陳代謝及各種生理過程，從而與環境保持同步。