小動物活體成像的實驗主要分為兩大類，一種是看腫瘤或者炎癥的發展以及腫瘤的轉移。一種是看物質在小鼠體內的代謝和聚集情況。比如藥物代謝，基本上是要看不同的時間內，注射進入小鼠體內的藥物到了小鼠的哪個部分的器官以及量的多少。

　　那么如果單純是細胞或者是藥物，我們本身是無法看見的。這就牽扯到，我們需要用到一些，可以被影像設備捕捉到的發光物質，對細胞或者藥物進行標記。從而指示細胞或者藥物在小鼠中存在的位置。

　　小動物活體標記技術主要分為兩種，一種是生物發光，一種是熒光。生物發光是通過熒光素酶（Luciferase）基因標記細胞或者DNA。在拍照前注射進底物，通過化學反應進行自發光。這種方法，不需要激發光，具有特異性強，背景低等優點。缺點是，信號太弱，需要比較長的曝光時間，以及比較好的設備。

　　熒光的主要采用報告基因（GFP，YFP,RFP）等。需要不同顏色的激發光源進行激發，并且在信號進行接收之前，要通過相對應的發射濾光片將雜光進行過濾，盡可能只是將激發信號放進來。GFP藍光激發，顯綠色，YFP綠光激發顯黃顏色，RFP黃光激發顯示紅色。所以舉個例子，GFP就需要藍色光源激發，需要綠色濾光片進行過濾。

　　除此之外在藥物代謝實驗中，經常用到的一些熒光染料，用于對藥物進行標記。我們可以很容易的在網上查到這些染料的激發波長和發射波長。